这天晚上。陈源和苏云分在一间房间,陶艺分在隔壁的房间,但在这个陌生的环境里,陶艺很害怕,一直待在苏云身边就是不去隔壁的房间,苏云看出来她心里的害怕,就歉意地跟陈源说。新的学年开始,忍术学园的忍蛋们陆续回校,可是一年叶组的喜三太却因未完成作业迟迟不出现。原来上学期末全学园的暑假作业都搞错了,喜三太得到的是六年级的作业,其任务是鍮出大间贺时城主的兜裆布。为了找回喜三太,园长命令雾丸、新兵卫以及其他年级几名未完成作业的忍蛋前往营救喜三太。另一方面,大间贺时正与邻近的黄昏城激战,乱太郎等叶组的小忍蛋自告奋勇前往这两座城池探听敌清。新的学年,忍术学园全员出动,却面临着巨大的危机……本片根据尼子搔兵卫的原著漫画《落第忍者乱太郎》改编,为同名漫画的第2部剧场版动画,真人剧场版也在同年上映。